Créé par décret n°2000-171/PRES du 16 mai 2000, le CAPES à l’origine était une administration de mission placée sous la tutelle technique de la Présidence du Faso, avec comme principal bailleur la Fondation Africaine pour le Renforcement des Capacités (ACBF).
Le 05 octobre 2018, après le retrait de l’ACBF, le CAPES s’est doté d’un nouveau décret n°2018-0862/PRES portant création, attributions, organisation et fonctionnement dont l’objectif, pour les hautes autorités du pays, est de rendre l’institution plus viable et efficace dans ses missions.
Il intervient principalement dans le domaine de l’analyse prospective, de la veille stratégique et l’intelligence économique, l’élaboration des politiques publiques et dans le domaine du renforcement des capacités.
Son apparition dans le paysage institutionnel actuel du pays participe de la volonté des autorités burkinabè de renforcer la capacité nationale de gestion du développement, de promouvoir et de développer l’intelligence économique et l’analyse prospective.
Les activités du CAPES ont été officiellement lancées le 8 avril 2002.
Doté de la personnalité morale et de l’autonomie financière et administrative, le Centre est entièrement financé actuellement par l’Etat burkinabè.