Les instances de gouvernance et de gestion du CAPES sont les suivantes :
Le Conseil d’Orientation
Présidé par le Directeur de Cabinet de son Excellence Monsieur le Président du Faso, le Conseil d’Orientation (CO) est l’organe de décision. Sur convocation de son Président, il se réunit deux (2) fois par an en session ordinaire et en session extraordinaire chaque fois que de besoin. Il est composé de neuf (09) membres représentant les différentes structures clefs du tissu socioéconomique du pays.
La Direction Exécutive
La Direction Exécutive du CAPES est l’organe chargé de la mise en œuvre des décisions du Conseil d’Orientation et des activités du Centre.
La Direction Exécutive est organisée en départements et directions d'appui.
Les départements sont :
- le département économie et développement ;
- le département prospective et veille stratégique ;
- le département sociologie et secteurs sociaux ;
- le département évaluation et capitalisation.
Chaque département est dirigé par un expert assisté de chargés d'études.
Les directions d'appui sont :
- la direction de I' administration et des finances ;
- la direction de l'information et de la communication.
La direction de l'administration et des finances est dirigée par un directeur assisté d'un comptable et celle de l'information et de la communication par un directeur assisté d'un communicateur.