Les instances de gouvernance et de gestion du CAPES sont les suivantes :
Le Conseil d’Orientation
Présidé par le Directeur de Cabinet de son Excellence Monsieur le Président du Faso, le Conseil d’Orientation (CO) est l’organe de décision. Sur convocation de son Président, il se réunit deux (2) fois par an en session ordinaire et en session extraordinaire chaque fois que de besoin. Il est composé de neuf (09) membres représentant les différentes structures clefs du tissu socioéconomique du pays.
La Direction Exécutive
La Direction Exécutive du CAPES est l’organe chargé de la mise en œuvre des décisions du Conseil d’Orientation et des activités du Centre.
La Direction Exécutive est organisée en départements et services d'appui.
Les Départements sont :
le Département Développement et Secteurs Sociaux:
le Département Prospective et Veille Stratégique ;
le Département Evaluation et Capitalisation des Politiques Publique.
Les Services d'appui sont :
le Service des Affaires Administratives et des Finances ;
le Service de Communication et des Relations Publiques ;
le Service Contrôle Interne ;
le Bureau Comptable Matière Secondaire ;
le Service de Planification, de Suivi et d’Évaluation.